Commander: Conquest of the Americas é um RTS (real time strategy) em que o objetivo é usar suas habilidades para garantir a riqueza de sua nação no Novo Mundo – com a trama ocorrendo durante o século 16. O jogo é o sucessor espiritual do East India Company, desenvolvido pelo mesmo estúdio.

O jogador precisa cumprir a missão de cada fase aplicando as metodologias mais convenientes – às vezes agressivas e outras diplomáticas. Quatro conselheiros darão opiniões para cada ação a ser executada. Caso eles fiquem muito insatisfeitos com você, pontos de liderança serão subtraídos. Quando a liderança é comprometida, a tela de Game Over é ativada.

A jogabilidade está focada em duas coisas: barcos e colônias. Para prosperar é preciso administrar as embarcações e a estrutura em territórios conquistados, sempre procurando as opções mais lucrativas com o cuidado de estar preparado para a guerra.